Река Арчар извира на 200 м източно от връх Бабин нос в планината Бабин нос, на 1 060 м н.в. До село Раяновци тече в планинска гориста долина и в нея се вливат реките Каменития Арчар (ляв приток) и Кръстина (десен). След това продължава в източна посока в дълбока (на места до 100 м) каньоновидна долина. Тук отдясно в нея се вливат най-големите ѝ притоци — Арчарица, Ошанска река, Върли дол и Салашка река. При село Острокапци Арчар завива на североизток, а при село Въртоп — на изток и се влива отдясно в река Дунав на 769-ти км, при село Арчар, на 30 м н.в.