Река Елешница извира на 2173 м н.в. в Осоговска планина, на 400 м югозападно от връх Руен (2251 м), първенецът на планината. По цялото си протежение тече в дълбока, на места проломна и слабо залесена долина, с отделни малки долинни разширения. Първите 17 км, до село Раково тече в югоизточна посока, успоредно на държавната ни граница с Македония. След това завива на североизток и до село Ваксево запазва това си направление през историко-географската област Пиянец, като тук отдясно получава най-големия си приток Ваксевска река (Речица). След това Елешница завива на север, а при село Четирци рязко на изто и след 2 км се влива отдясно в река Струма на 437 м н.в., преди навлизането на последната в живописния Скрински пролом.