Река Царацар води началото си под името Карапанча от извор-чешма (на 382 м н.в.), разположена в югозападната част на село Хърсово, община Самуил, в северната част на Самуиловските височини. Тече в дълбока каньоновидна долина, всечена в аптски варовици, най-напред на север до ловно стопанство "Ирихисар", след това на североизток до град Главиница, завива на запад до шосето Кубрат — Тутракан и отново на север — до устието си. След село Стефан Караджа, община Главиница пресъхва и от там нататък продължава като суходолие. Влива се отдясно в река Дунав (на 435-ти км), на 11 м н.в., западно от Тутракан, срещу българският остров Радецки. Реката изцяло протича на територията на историко-географската област Лудогорие.